油擴散泵抽氣系統的最大缺點是油蒸汽的污染。
系統中污染物的主要來源如下：
(1)擴散泵油蒸汽的返流。這是最重大的污染源。
(2)系統中的零部件，在裝配時用有油的手拿。用有油污的手套拿，這樣粘染的有機分子可以造成系統內的污染。
(3)前級油封機械泵油的返流。這個問題也很嚴重，當入口壓力較高時，在達到過渡區(1～10-1Pa)壓力時，機械泵的油蒸汽即可直接進入擴散泵內，對系統直接進行污染。很多真空工藝過程的污染來自機械泵返油。當停機械泵時如不及時向泵內放大氣，機械泵油可直接返到擴散泵油鍋內。當擴散泵起動時對系統的污染更為嚴重。
(4)抽氣系統中密封材料的放氣造成的污染。特別是人造橡膠密封圈，密封油脂，潤滑油等，也同樣造成嚴重的污染。
(5)當停泵后放大氣時，使真空零部件在空氣中粘污上水蒸汽，油煙等，造成對真空系統的污染。
消除系統油蒸氣返流的具體措施為：
(1)加大擴散泵的啟動功率來縮短機械泵與擴散泵切換時的壓力過渡區。
(2)通過改變系統操作工藝和用閥門來避開返流危險區（切換過渡區）。例如，可使一個按照預定速度開啟的高真空閥，逐漸地開啟它，保證進入擴散泵的氣體流量低于它的最大排氣量，并且又使機械泵抽速保證擴散泵前級壓力，以使擴散泵能樹立工作。這樣就能避開過渡區的出現。
(3)改善操作工藝，將擴散泵的加熱功率調至最佳功率，避免出現泵油爆沸現象；一般擴散泵在加熱開始和關閉過程中，返流將出現峰值，所以可用泵口處的高真空閥門來控制避免返流。
(4)在擴散泵入口處加裝液氫冷阱或吸附阱來捕集返流油蒸氣。
(5)選用優質的擴散泵工作液。